目前我國的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)技術的系統(tǒng)設施和養(yǎng)殖生產處于相脫節(jié)的狀況，也就是說只有少數人真正掌握循環(huán)水養(yǎng)殖設施正常管理技術，大多數已建的循環(huán)水養(yǎng)殖設施很大一部分不能正常運轉。究其原因，一是循環(huán)水養(yǎng)殖管理要求復雜，技術上有缺陷，不易實現平穩(wěn)運行；二是一般養(yǎng)殖場的人員素質和結構不能滿足循環(huán)水養(yǎng)殖的要求。因此，今后養(yǎng)殖設施的開發(fā)應更加注重從整體上整合養(yǎng)殖設施和養(yǎng)殖技術，做到“軟硬件”真正的統(tǒng)一，并不斷提高設施的信息化和智能化水平，降低管理維護難度。

養(yǎng)殖過程中產生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對于排出養(yǎng)殖池底的污物有一定效果。無死角的養(yǎng)殖池形狀結合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當同一個養(yǎng)魚池中魚的大小、強弱不一時，會嚴重影響魚的生長速度，因而，養(yǎng)殖過程中必須按時進行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發(fā)生），而且便于進行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養(yǎng)次數，過多次數的分養(yǎng)會使魚體受傷，增加魚的應激反應。

循環(huán)水系統(tǒng)處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質，這些物質排入到養(yǎng)殖水中后會在細菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環(huán)水處理系統(tǒng)的功能所在。循環(huán)水處理系統(tǒng)首先包括機械過濾部分。這些設備會將水中的固體懸浮物在一時間過濾出來。經常用到的設備是蛋白質分離器、微濾機、精密過濾器等設備。其次，循環(huán)水處理系統(tǒng)還有生化過濾設備。這些設備是為了培養(yǎng)相應的微生物來對水中溶解性物質進行分解分離的。