一代、二代、三代測(cè)序的區(qū)別分別是什么?
一代測(cè)序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測(cè)序,也稱為Sanger測(cè)序。
二代測(cè)序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測(cè)序通量過(guò)低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對(duì)上百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測(cè)序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測(cè)序的目標(biāo)。
三代測(cè)序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測(cè)序技術(shù),這兩種技術(shù)的測(cè)序讀長(zhǎng)都可以達(dá)到幾-kb的級(jí)別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測(cè)序技術(shù)。 二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是高準(zhǔn)確性。江蘇哪里有二代測(cè)序價(jià)格
二代測(cè)序——RNA甲基化的概念、作用和檢測(cè)方法
RNA 甲基化概念及位置:RNA 甲基化是在 RNA 分子上添加甲基基團(tuán),其中 N6 - 甲基腺苷(m6A)是最常見的一種 RNA 甲基化修飾形式,它主要發(fā)生在 mRNA(信使 RNA)的腺嘌呤(A)殘基上。
作用
1、影響 RNA 的穩(wěn)定性:m6A 修飾可以影響 mRNA 的穩(wěn)定性。例如,一些帶有 m6A 修飾的 mRNA 更容易被降解,從而調(diào)控基因表達(dá)的時(shí)間和水平。2、調(diào)節(jié) RNA 的剪接和翻譯:m6A 修飾還能夠調(diào)節(jié) mRNA 的剪接過(guò)程,影響不同轉(zhuǎn)錄本的生成。同時(shí),它也可以在翻譯水平上發(fā)揮作用,影響蛋白質(zhì)合成的效率。
檢測(cè)方法
甲基化 RNA 免疫沉淀測(cè)序(MeRIP - Seq):這種方法主要是利用特異性識(shí)別 m6A 修飾的抗體,對(duì) RNA 進(jìn)行免疫沉淀富集,然后通過(guò)高通量測(cè)序來(lái)鑒定 m6A 修飾的位點(diǎn)和水平。 海南二代測(cè)序應(yīng)用二代測(cè)序常用于產(chǎn)前的檢測(cè)或診斷。
二代測(cè)序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展①
疾病診斷與***領(lǐng)域 :消化系統(tǒng)**標(biāo)志物檢測(cè):2024 年的**共識(shí)指出,二代測(cè)序(NGS)技術(shù)可同時(shí)檢測(cè)消化系統(tǒng)**中的多種標(biāo)志物,如錯(cuò)配修復(fù)基因變異、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)狀態(tài)、**突變負(fù)荷(TMB)等,為**的精細(xì)***提供了更***、準(zhǔn)確的信息。例如,MSI-H 的實(shí)體瘤患者可使用帕博利珠單抗進(jìn)行***,而 NGS 技術(shù)能更好地檢測(cè) MSI 狀態(tài)及相關(guān)耐藥機(jī)制。
**液體活檢:通過(guò)檢測(cè)血液中的循環(huán)** DNA(ctDNA)等標(biāo)志物,實(shí)現(xiàn)對(duì)**的早期篩查、診斷和***監(jiān)測(cè)。NGS 技術(shù)能夠更敏感地檢測(cè)到 ctDNA 中的基因突變和變異,為**的無(wú)創(chuàng)診斷提供了有力支持。
關(guān)于二代測(cè)序的簡(jiǎn)介:
二代測(cè)序技術(shù)(Next-Generation Seguencing,NGS)也稱為高通量測(cè)序技術(shù),是一種能夠同時(shí)對(duì)數(shù)百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè) DNA片段進(jìn)行測(cè)序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測(cè)序相比二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢(shì)。
二代測(cè)序技術(shù)在大幅提高了測(cè)序速度的同時(shí),大幅度的降低了測(cè)序成本,保持了高準(zhǔn)確性,以前完成一個(gè)人類基因組的測(cè)序需要3年時(shí)間,而使用二代測(cè)序技術(shù)則需要1周,但其序列讀長(zhǎng)方面比起一代測(cè)序技術(shù)則要短很多,大多只100bp-150bp。
二代測(cè)序結(jié)果怎么分析?
二代測(cè)序——技術(shù)原理類問題
二代測(cè)序與一代測(cè)序的區(qū)別是什么:一代測(cè)序技術(shù)如Sanger測(cè)序,一次只能讀取一條DNA序列,通量低、速度慢、成本高,但準(zhǔn)確性高,適用于對(duì)少量基因片段的精確測(cè)序。而二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、速度快、成本低等優(yōu)點(diǎn),可以同時(shí)對(duì)大量DNA分子進(jìn)行測(cè)序,但在單個(gè)堿基的準(zhǔn)確性上稍低于一代測(cè)序,二者在不同的應(yīng)用場(chǎng)景中各有優(yōu)勢(shì)。二代測(cè)序有哪些主要的測(cè)序原理:主要包括邊合成邊測(cè)序和連接法測(cè)序。邊合成邊測(cè)序是在DNA聚合酶的作用下,逐個(gè)添加帶有熒光標(biāo)記的dNTP,通過(guò)檢測(cè)釋放的熒光信號(hào)來(lái)確定堿基序列;連接法測(cè)序則是利用DNA連接酶將寡核苷酸探針連接到模板DNA上,根據(jù)連接的探針序列來(lái)推斷模板DNA的堿基組成。 單細(xì)胞測(cè)序也是二代測(cè)序。甘肅二代測(cè)序檢測(cè)
NGS測(cè)序是二代測(cè)序嗎?江蘇哪里有二代測(cè)序價(jià)格
二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程(上)
樣本采集和 RNA 提取
樣本采集需要考慮研究目的和樣本類型。例如,研究**組織的轉(zhuǎn)錄組,就要準(zhǔn)確獲取**組織樣本,同時(shí)比較好有對(duì)應(yīng)的正常組織作為對(duì)照。RNA 提取方法有多種,常用的如 Trizol 法,它可以有效地從細(xì)胞或組織中提取總 RNA,包括 mRNA、rRNA 和 tRNA 等。提取后的 RNA 質(zhì)量至關(guān)重要,需要通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳或?qū)iT的 RNA 質(zhì)量檢測(cè)儀器來(lái)評(píng)估 RNA 的完整性和純度。
RNA 質(zhì)量檢測(cè)和定量
完整性方面,通常使用 RNA 完整性指數(shù)(RIN)來(lái)衡量。RIN 值越高(一般認(rèn)為 RIN > 7 是高質(zhì)量 RNA),說(shuō)明 RNA 完整性越好。定量方法主要有紫外分光光度法和熒光定量法。紫外分光光度法可以通過(guò)測(cè)量 RNA 在 260nm 和 280nm 處的吸光度比值來(lái)估計(jì) RNA 純度,比值在 1.8 - 2.0 之間表示純度較好。熒光定量法則是使用專門的熒光染料(如 Qubit)來(lái)更準(zhǔn)確地測(cè)量 RNA 濃度。
文庫(kù)構(gòu)建
首先要進(jìn)行mRNA富集,一般使用帶有poly-T的磁珠來(lái)特異性地捕獲mRNA,因?yàn)檎婧松飉RNA的3'端都有poly-A尾巴。然后將mRNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA,再通過(guò)超聲或酶切等方法將cDNA片段化,片段大小通常在幾百個(gè)堿基對(duì)左右。之后在片段兩端連接上測(cè)序接頭,經(jīng)過(guò)PCR擴(kuò)增來(lái)增加文庫(kù)的量,使其達(dá)到可以上機(jī)測(cè)序的要求。
江蘇哪里有二代測(cè)序價(jià)格