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法國一體化數(shù)字PCR

來源: 發(fā)布時(shí)間:2023-01-16

PCR常使用目標(biāo)序列的拷貝數(shù)或某一給定樣品中轉(zhuǎn)基因的百分比來體現(xiàn)方法靈敏度。由于qPCR和dPCR實(shí)驗(yàn)過程所用試劑的兼容性較好,在使用dPCR進(jìn)行轉(zhuǎn)基因檢測時(shí),通常直接參照qPCR的方法。使用不同技術(shù)對相同樣品檢測時(shí),兩種方法的靈敏度是否具有可比性成為關(guān)注的問題。Burns等21]使用Fluidigm公司的12.765(12板,每板765個(gè)微單元)芯片數(shù)字PCR分析儀測定標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)ERM-AD413檢測轉(zhuǎn)基因玉米MON810。該小組應(yīng)用dPCR技術(shù)評估在qPCR定義下的靈敏度數(shù)值,在拷貝數(shù)200-700之間,dPCR與qPCR的測量結(jié)果具有一致性。但與qPCR的靈敏度相比,dPCR在低于拷貝數(shù)200時(shí)有被低估的風(fēng)險(xiǎn),在高于拷貝數(shù)1000時(shí)有被高估的風(fēng)險(xiǎn)。dPCR在同一陣列上同時(shí)測量轉(zhuǎn)基因和內(nèi)源性靶點(diǎn)時(shí),需要稀釋內(nèi)源性靶點(diǎn)和轉(zhuǎn)基因靶點(diǎn)在合理拷貝數(shù)范圍內(nèi)以保證dPCR測量結(jié)果的準(zhǔn)確性。數(shù)字以靈敏度和準(zhǔn)確度測量突變的變異程度、檢測稀有的DNA靶拷貝以及解析拷貝數(shù)變?異狀態(tài)。法國一體化數(shù)字PCR

在熒光定量PCR應(yīng)用已經(jīng)如此的情況下,緣何數(shù)字PCR仍然能橫空出世?中心點(diǎn)在于熒光定量PCR盡管為科研和臨床市場應(yīng)用提供了非常重要的檢測工具支撐,但仍然有尚未被滿足的客戶需求。熒光定量PCR需要基于標(biāo)準(zhǔn)品制作的標(biāo)準(zhǔn)曲線進(jìn)行定量,屬于相對定量,操作較為復(fù)雜,且終端用戶對其結(jié)果的重復(fù)性、靈敏性、精密度、分辨率、對PCR反應(yīng)抑制劑的耐受性等方面有更高的期待。數(shù)字PCR通過將反應(yīng)體系進(jìn)行有限稀釋至成千上萬的反應(yīng)單元中,實(shí)現(xiàn)了核酸靶標(biāo)的單分子擴(kuò)增。PCR擴(kuò)增結(jié)束后,基于終點(diǎn)法對陽性液滴數(shù)和總液滴數(shù)進(jìn)行計(jì)數(shù),結(jié)合泊松分布原理,從而實(shí)現(xiàn)對起始樣本的定量。其極大地簡化了操作步驟,并且大幅提高了檢測性能,尤其在低豐度或較低豐度的核酸檢測上(靈敏性可達(dá)0.001-0.0001%),其優(yōu)異的性能得到了終端用戶的認(rèn)可。廣東進(jìn)口數(shù)字PCR價(jià)格數(shù)字PCR技術(shù)min檢測下限可到2copies/ml,比qPCR靈敏度提升了100倍。

ThermoFisherQuantStudio3D是另一個(gè)經(jīng)典的芯片式數(shù)字PCR平臺,其基本的檢測流程是:將反應(yīng)液加入到涂布器中,通過涂布器將反應(yīng)液均勻涂布在有20000個(gè)微孔的芯片上,將芯片放在PCR儀上擴(kuò)增,將芯片放入讀取儀中采取拍照的方式讀取熒光信號。操作較為復(fù)雜,整個(gè)過程在封閉的芯片中進(jìn)行,污染的風(fēng)險(xiǎn)較低。STILLANaica是一個(gè)較新的數(shù)字PCR平臺,基本的檢測流程是:將反應(yīng)液加入芯片,將芯片放入微滴生成擴(kuò)增系統(tǒng),生成30,000個(gè)微滴單層平鋪于芯片中,PCR擴(kuò)增在芯片上完成。然后將擴(kuò)增后的芯片轉(zhuǎn)移至微滴閱讀分析系統(tǒng),采取拍照的方式讀取熒光信號。由于整個(gè)過程在封閉的芯片中進(jìn)行,污染的風(fēng)險(xiǎn)較低。

盡管我國dPCR行業(yè)起步較晚,但在國家鼓勵(lì)醫(yī)療器械創(chuàng)新的大背景下,以及精細(xì)醫(yī)療和個(gè)性化用藥等需求推動下,dPCR成為了近年廣受關(guān)注的熱點(diǎn)領(lǐng)域,保持著穩(wěn)定快速的增長。近年來國內(nèi)誕生了如領(lǐng)航基因、新羿生物、銳訊生物、科維思、永諾生物、泛生子、思納福醫(yī)療等企業(yè),開始與國外企業(yè)同臺競技。從市場角度看,北美依然是dPCR比較大的主導(dǎo)市場,其次是亞洲和歐洲。由于性疾病和的高發(fā)病率以及患者對這些疾病的早期診斷意識的提高,亞太地區(qū)將成為dPCR增長速度快的市場。伯樂、凱杰、賽默飛、羅氏、因美納等公司紛紛通過收購、投資等方式布局dPCR業(yè)務(wù)。楊雁峰博士堅(jiān)信數(shù)字PCR是可以應(yīng)用于無創(chuàng)產(chǎn)前篩查的理想技術(shù)之一,這也是他2016年創(chuàng)立塔歌生物的初衷。

dPCR在使用過程中需要特別注意體積誤差造成的結(jié)果偏差。體積誤差對于測量拷貝數(shù)濃度會產(chǎn)生偏差。目前dPCR中體積優(yōu)化方法以光學(xué)顯微鏡觀測為主。分散體積的差異會增加拷貝數(shù)結(jié)果的不確定性,Emslie等使用光學(xué)顯微鏡縱向拍照比較圖片邊緣的微小差異,考察了數(shù)字PCR系統(tǒng)中每個(gè)微孔內(nèi)和孔與孔間的體積差異對實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響程度。Corbisier等使用微滴數(shù)字PCR對6種不同質(zhì)量分?jǐn)?shù)棉籽粉質(zhì)粒DNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)[ERM-AD623a-f,濃度范圍(10~10)copies/ul]進(jìn)行分析,優(yōu)化了液滴體積得到相應(yīng)校正因子,并使用該校正因子發(fā)現(xiàn)并校準(zhǔn)了運(yùn)行軟件中液滴體積不變的假設(shè)而引起的數(shù)據(jù)偏離,數(shù)據(jù)結(jié)果的一致性有明顯提高。通過不同cluster的位置進(jìn)行突變位點(diǎn)的判斷時(shí)存在誤判的現(xiàn)象。廣州全自動多重?cái)?shù)字PCR系統(tǒng)

數(shù)字PCR通常采用大量分區(qū)。法國一體化數(shù)字PCR

在定量PCR時(shí),我們常常糾結(jié)一個(gè)問題,究竟是相對定量還是***定量呢?如今,你無需糾結(jié)了,因?yàn)閿?shù)字PCR(digitalPCR)來了。盡管這兩種技術(shù)有些類似,都是估計(jì)起始樣品中的核酸量,但它們有一個(gè)重要的區(qū)別。定量PCR是依靠標(biāo)準(zhǔn)曲線或參照基因來測定核酸量,而數(shù)字PCR則讓你能夠直接數(shù)出DNA分子的個(gè)數(shù),是對起始樣品的***定量。因此特別適用于依靠Ct值不能很好分辨的應(yīng)用領(lǐng)域:拷貝數(shù)變異、突變檢測、基因相對表達(dá)研究(如等位基因不平衡表達(dá))、二代測序結(jié)果驗(yàn)證、miRNA表達(dá)分析、單細(xì)胞基因表達(dá)分析等。法國一體化數(shù)字PCR

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